每年澳門外科學會均會舉辦一項大型的學術年會，以及多項多形式多管道之學術活動，吸引外科同道積極參與學術交流和建立友誼平台。
2015年：聯合大會：第八屆海峽兩岸一般外科學術研討會暨2015中國臨床普外科前沿與爭論高峰論壇／2015澳門外科學會年會。地點：漁人碼頭會議展覽中心。時間：19-20/9/2015。
2014年：主題：“傷口” 。 地點：漁人碼頭會議展覽中心。時間：6-7/9/2015。特色：邀請全國著名的解剖專家及資深院士鍾世鎮，為三百多名相關醫護人員介紹外科手術的創傷和癒合原理。現場更安排了3D大螢幕，讓參與者親身感受3D外科手術的優越發展。
2013年：十週年學術年會主題：外科十年回顧和進展。地點：金沙城喜來登酒店五樓會議中心。網上接受報名：1) http://www.beclass.com/rid=1632b2e51aff97461ebf
學術年會
2012年學術年會主題：微創外科新進展 地點：澳門鏡湖醫院霍英東專科大樓會議廳
2011年學術年會：辛亥百年，孫中山從醫人到治國 地點：澳門旅遊觀光塔
2008年學術年會 澳門外科國際論壇：胃腸及胸心外科新進展地點：澳門旅遊觀光塔